Veterinaarmeditsiini ja Loomakasvatuse Instituut on korraldatud õppetoolidel põhineva struktuuri alusel, kus iga õppetool vastutab vastutusvaldkonna arendamise eest teadus-, õppe- ja arendustöös.
Instituudi õppetoolid:
Instituudi struktuuri kuuluvad ka:
Instituut vastutab oma valdkondade järjepideva arendamise eest, hõlmates tervet toidutootmise ahelat alates loomade ja vesiviljeluse kasvatamisest kuni ohutu ja kvaliteetse toidu tootmiseni.