Veterinaarmeditsiini ja Loomakasvatuse Instituut on korraldatud õppetoolidel põhineva struktuuri alusel, kus iga õppetool vastutab vastutusvaldkonna arendamise eest teadus-, õppe- ja arendustöös.
Instituudi õppetoolid:
- Veterinaarse bio- ja populatsioonimeditsiini õppetool
- Kliinilise veterinaarmeditsiini õppetool
- Toiduhügieeni ja rahvatervise õppetool
- Toiduteaduse ja toiduainete tehnoloogia õppetool
- Tõuaretuse ja biotehnoloogia õppetool
- Söötmisteaduse õppetool
- Vesiviljeluse õppetool
Instituudi struktuuri kuuluvad ka:
- Eesti Maaülikooli Loomakliinik
- Maaülikooli Apteek
- Märja veisefarm (Eerika Farm OÜ hallatav)
Instituut vastutab oma valdkondade järjepideva arendamise eest, hõlmates tervet toidutootmise ahelat alates loomade ja vesiviljeluse kasvatamisest kuni ohutu ja kvaliteetse toidu tootmiseni.