Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut on korraldatud õppetoolidel põhineva struktuuri alusel, kus iga õppetool vastutab oma valdkonna arendamise eest teadus-, õppe- ja arendustöös.
Instituudi õppetoolid:
Instituudi struktuuri kuuluvad ka:
Instituut vastutab oma valdkondade järjepideva arendamise eest, hõlmates tervet toidutootmise ahelat alates loomade kasvatamisest ja vesiviljelusest kuni ohutu ja kvaliteetse toidu tootmiseni.